Unika Soegijapranata berada di bawah naungan Yayasan Sandjojo, dengan struktur organisasi sebagai berikut :
| BADAN PEMBINA | ||
| Ketua | : | Rm. Mgr. Dr. Robertus Rubiyatmoko |
| Anggota | : | Rm. Dr. Ir. P. Wiryono Priyotamtomo, SJ. |
| Rm. Dr. AL. Purwa Hadiwardaya, MSF. | ||
| Br. Drs. Heribertus Sumarjo, MM, FIC. | ||
| Ign Djajus Adisaputro | ||
| BADAN PENGURUS | ||
| Ketua | : | Dr. Al. Agus Suryono, MM |
| Wakil Ketua I | : | Prof. Drs. YL. Sukestiyarno, MS, Ph.D. |
| Wakil Ketua II | : | Andreas Haryanto, SH. CN. |
| Sekretaris | : | Rm. Drs. R. Sugihartanto, Pr. |
| Bendahara Umum | : | Sebastian H Budi |
| Bendahara | : | Drs. F. Bahari |
| Anggota | : | Br. Dr. Martinus Tukir Handoko, FIC |
| Dr. dr. Maxitalia Setyawati Estiningtyas, Sp.A(K) | ||
| Dr. dr. FX. Awal Prasetyo, M.Kes., Sp.THT-KL | ||
| BADAN PENGAWAS | ||
| Ketua | : | Prof. dr. Magdalena Sidhartani Zain, M.Sc., Sp.A(K) |
| Anggota | : | dr. PK. Koesbintoro Singgih, MM |
| Rm. Ign. Triatmoko, MSF | ||
| P. Santoso Hartono Triatman, SH | ||
| Drs. Chr. Saman Kadarisman | ||