Unika Soegijapranata berada di bawah naungan Yayasan Sandjojo, dengan struktur organisasi sebagai berikut :
| BADAN PEMBINA | ||
| Ketua | : | Dr. Robertus Rubiyatmoko |
| Anggota | : | Dr. Al. Purwa Hadiwardaya MSF |
| Dr. Petrus Sunu Hardiyanto, SJ | ||
| Drs. Heribertus Sumardjo, MM FIC | ||
| Ign Djajus Adisaputro | ||
|
|
||
| BADAN PENGURUS | ||
| Ketua Umum | : | Dr. Ir. Paulus Wiryono Priyotamtama, SJ |
| Wakil Ketua | : | dr. PK. Singgih Koesbintoro, MM |
| Sekretaris | : | Marcellinus Tanto, Pr. M.Hum |
| Bendahara | : | Drs. FS. Bahari Nusantara |
| Anggota | : | Andreas Haryanto, SH, CN |
| Dr. Martinus Tukir Handoko, FIC. MSc | ||
| Dr. dr. Maxutalia Setiawati Estiningtyas, Sp A(K) | ||
| dr. Nindyawan Waluyo Adi, SpB | ||
| dr. Tuntas Dhanardhono, SpFM. MSi.Med, MH | ||
|
|
||
| BADAN PENGAWAS | ||
| Ketua | : | Prof. dr. Magdalena Sidhartani Zain, M.Sc., Sp.A(K) |
| Anggota | : | Dr. Bernardinus Agung Prihartana, MSF |
| Drs. Djoko Sudjadi, MM | ||
| Drs. Chr. Saman Kadarisman | ||
| dr. Vinsensius Yulianto Prabowo, M.Kes | ||
|
|
||
| DIREKTUR EKSEKUTIF | : | Prof. Dr. Ir. Y. Budi Widianarko, M.Sc |
|
|
||
| KEPALA KANTOR | : | Drs. Ign. Dadut Setiadi, MM. |