Jajaran manajemen adalah Lembaga, Biro, UPT, dan Unit yang melaksanakan kegiatan Universitas sesuai dengan kriteria aktifitas kerja.
Jajaran manajemen Unika Soegijapranata dibagi dalam:
| KEPALA LEMBAGA | ||
| Lembaga Penelitian dan Pengabdian Masyarakat (LPPM) | : | Dr. Bertha Bekti Retnawati, SE., M.Si. |
| Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) | : | Valentinus Suroto, SH., MH. |
| Lembaga Pengembangan Sumber Daya Manusia (LPSDM) | : | Dr. B. Resti Nurhayati, SH., M.Hum. |
| Lembaga Pengkajian & Pengembangan Pendidikan (LPPP) | : | Enny Trimeiningrum, SE., M.Si. |
| KEPALA BIRO & SEKRETARIAT | ||
| Biro Administrasi Umum (BAU) | : | A. Eko Supriyanto, SE. |
| Biro Administrasi Keuangan (BAK) | : | Dra. Susana Jawi Nugrahaningsih, MSi. |
| Biro Administrasi Akademik (BAA) | : | B. Lenny Setyowati, S.S., M.I.Kom. |
| Sekretariat Universitas | : | Al. Ponco Hadi Heru C., S.Kom., MM. |
| KEPALA UNIT PELAKSANA TEKNIS (UPT) | ||
| UPT Reksa Pastoral/Campus Ministry | : | Rm. Aloys Budi Purnomo, Pr. |
| UPT Kantor Internasional/International Office | : | Dr. Henny Hartono, SS., MPd. |
| UPT Manajemen Sistem Informasi (MSI) | : | A.P. Rezky Trenggono, ST |
| UPT Promosi dan Rekruitmen Mahasiswa (PRM) | : | Vera Retnowati, ST. |
| UPT Soegijapranata Student Career Centre (SSCC) | : | Yuliana Sri Wulandari, SE. |
| UPT Perpustakaan | : | Rikarda Ratih Saptaastuti, S.Sos. |
| UPT Penerbitan | : | P. Anggara Purnamasidi, S.Sn. |
| UPT Kemahasiswaan & Alumni | : | Andreas Dian Prasetyo, ST. |
| KEPALA UNIT KEWIRAUSAHAAN | ||
| Pendidikan Bahasa (CLT) | : | Blasius Panditya Tri Danardana, MBA. |
| Pusat Psikologi Terapan | : | Dr. Kristiana Haryanti, M.Si. |